Türk yüksek öğretim sistemine göre devlet üniversitelerinde rektör, üniversitenin öğretim üyeleri tarafından yapılan oylama sonuçlarının YÖK tarafından yapılacak sıralamanın Cumhurbaşkanı'na sunulmasından sonra Cumhurbaşkanınca değerlendirilip adaylardan birinin atanması sonucu göreve başlar. Görev süresi dört yıldır ve en fazla iki dönem bu görevde kalabilir.
Vakıf üniversitelerinde ise rektör, mütevelli heyeti (yönetim kurulu) tarafından seçilir ve YÖK'ün onayıyla göreve başlar.